배트맨 없는 조커? 스파이더맨 없는 고블린? 슈퍼맨 없는 렉스 루터??
우리는 한번도 히어로 없는 악당을 생각해본 적이 없다!!

메트로시티의 막강 라이벌 메트로맨과 메가마인드!
도시의 영웅 메트로맨과 달리 슈퍼 악당 메가마인드는 모든 사람들이 두려워하는 대상.
그러던 어느 날...
꼭 한번 메트로맨을 이기고 싶었던 메가마인드는 회심의 일격을 가하고 얼떨결에 메트로맨을 제거하는데 성공한다.
하지만 승리의 기쁨도 잠시!
앙숙이자, 숙적이자, 자신을 대적할 유일한 상대였던 메트로맨이 사라진 후 메가마인드는 예상치 못한 무료함에 점점 시들해져 가는데...

관심 받고싶은 슈퍼악당, 안티히어로 메가마인드!
영웅을 제거해버린 그의 기상천외한 다음 계획은??